Stanovení solubilních markerů souvisejících s fungováním imunitního systému např. stanovení cytokinů, chemokinů, růstových faktorů, solubilních forem adhezních molekul a receptorů pro cytokiny či chemokiny, může přinést obrovské množství nových informací. Tyto faktory lze měřit v nejrůznějších typech tělních tekutin: séru, plazmě, moči, likvoru aj. Analyzovat je možné rovněž tkáňové homogenáty, extrakty nebo lyzáty. Zcela zásadní informace lze dostat při analýze supernatantů tkáňových nebo buněčných kultur po kultivaci.
V některých situacích je vhodné a přínosné analyzovat současně větší počet solubilních faktorů, které spolu logicky souvisejí, a výsledkem takové vícenásobné analýzy je přesnější celkový obraz studovaného děje. Ve výzkumu se tyto metody volí především ve dvou situacích: v případě vstupních pokusů, kde je metoda širokého screeningu vítána a může dát směr dalším úvahám a pokusům, a také v situaci, kdy výzkumník analyzuje opakovaně a dlouhodobě určitou sestavu cytokinů či jiných solubilních faktorů a multiplexová metoda je pro něho vhodným zjednodušením analýz.
Na fotografii je pozitivní výsledek s proteiny ovlivňující angiogenezi: angiogenin, EGF, GRO, IL-8, leptin, MCP-1, PDGF, RANTES, TMP-1, TMP-2.
Výsledek reakce multiplexové analýzy